Il terzo ciclo «forma esperti nella ricerca teologica e futuri docenti nelle Facoltà e negli Istituti di S. Teologia» (Stat., art. 95). Si conclude con il conseguimento del Dottorato in Teologia.
Chi ha conseguito la Licenza in Teologia come studente iscritto alla Facoltà di Teologia o al Pontificio Istituto Pastorale della Pontificia Università Lateranense non ha obbligo di corsi o seminari. Per gli altri è necessario frequentare tre corsi/seminari (con relativi esami) durante il biennio.